В Академия-Сити, где наука и магия переплетаются, Тома Камидзё, обычный школьник с необычной способностью, встречает Индекс, молодую девушку с феноменальной памятью, содержащей 103 000 запретных магических книг. Их случайная встреча запускает цепь событий, втягивающих их в конфликт между научными и магическими фракциями. Томе предстоит использовать свой “Разрушитель иллюзий”, чтобы защитить Индекс и сохранить хрупкий баланс сил в городе, сталкиваясь с могущественными магами и учеными, стремящимися заполучить знания Индекс ради своих амбиций. Их приключения полны опасностей, дружбы и поисков истины в мире, где чудеса стали обыденностью.